W filmie Maryja nie jest jedynie adresatką papieskiego „Totus Tuus”, lecz przede wszystkim prawdziwą Matką i przewodniczką nieustannie obecną w przełomowych i dramatycznych momentach XX wieku oraz w osobistych zmaganiach Karola Wojtyły. Szczególne miejsce zajmuje wątek objawień fatimskich i ujawnionej przez papieża III Tajemnicy Fatimskiej, odnoszącej się do zagrożenia ze strony Rosji i duchowej walki toczącej się w świecie. Maryja. Matka Papieża ukazuje wyraźnie, że duchowa droga św. Jana Pawła II wyrastała z głęboko zakorzenionej polskiej maryjności, z wiary narodu, który przez wieki zawierzał swoje losy Matce Bożej. Papież nie tylko z tej tradycji wyrósł, lecz także nadał jej nowy, uniwersalny wymiar, ukazując światu maryjność jako drogę zawierzenia, odwagi i nadziei.
